安徽省全科医学会原名安徽省微循环学会，经安徽省科学技术协会批准，并征得省科技厅同意，在省有关领导亲切关怀支持下，经省民政厅登记注册，于1993年10月在黄山成立，是省一级科技社团，具有独立法人资质的社会团体组织。
2008年10月更名为安徽省全科医学会，先后荣获省科协1998年先进单位，2000年省科协明星学会，2006年省民政厅、省科协联合评选为示范学会，2016年荣获“安徽省民政厅社会组织百优社团”称号等殊荣。
2016年学会承接政府职能转移，承担省卫生计生委科研计划课题95项，时间两年完成，2018年9月在省卫生计生委科教处的指导下，严格按照委里科研管理部门要求，顺利完成结题工作。
2017年11月中共安徽省全科医学会党委成立。加强学会党建工作，实现学会党组织和党的工作“全覆盖”。中共安徽省全科医学会委员会要求以分支机构（分会/专业委员会）为单位，成立党支部，构建学会党建工作新格局，发挥党员在社会组织中的政治核心作用和先锋模范作用。2020年底学会各分会/专业委员会全部完成党建工作。
安徽省全科医学会现有注册会员8000余名。学会阵容庞大，专家人才聚集、实力雄厚，是安徽省医疗卫生事业发展的重要力量。学会分会/专业委员会每年举办各类高水平学术科普讲座、会议论坛、继教学习班、学术研讨会、培训、基层巡讲、操作比赛、技能比赛、病例比赛、科普知识比赛等120余场次，为安徽经济建设和学术繁荣作出了积极贡献。
学会的宗旨：要服务基层、引领基层、创新基层、改革基层、提升基层、发展基层，基层卫生强则全科强，全科强则中国卫生强。我们始终秉持以党建引领学会、以制度建设学会、以感情凝聚学会、以事业成就学会的理念，紧盯事业新目标、展现学会新形象、塑造工作新格局、实现发展新跨越，在新时代新征程中奉献安徽全科人的智慧和力量。
2019年11月30日组建了学会第六届理事会，选举产生严激会长等新一届领导集体，理事会根据学会章程规定设立6个办事机构，学会组织功能和各项管理制度健全。安徽省全科医学会现有14个分会/专业委员会，分别为：医学影像专业委员会、风湿免疫与骨关节病专业委员会、慢病防治分会、整合消化病学分会、心电学专业委员会、外科学分会、甲状腺乳腺外科分会、临床药学分会、康复医学分会、健康管理与健康保险分会、妇产科分会、儿科学分会、肿瘤内科分会、呼吸病学专业委员会。